Term
|
Definition
| Kontrollerering af hvor og hvor ofte et givet gen bliver transkripteret |
|
|
Term
|
Definition
| Kontrolering af splicing pg prossesen af RNA transkription |
|
|
Term
| RNA transport og lokationskontrol |
|
Definition
| Valg af hvilket mRNA som er expoteret fra nukleus til cytosol og bestemmelse af hvor i cytosol den er lokaliseret |
|
|
Term
|
Definition
| Vælgelsen af mRNA i cytoplasm er translatere af ribsomet |
|
|
Term
|
Definition
| Selektiv destabilisering af mRNA molekyle i cytoplasm |
|
|
Term
| Protein aktivitet kontrol |
|
Definition
| Selektiv aktivering, inaktivering, degrading eller lokalisering af specifik protein molekyle |
|
|
Term
| Hvorfor er transkrptional kontrol så vigtig? |
|
Definition
Den skal sørger for at cellen ikke synthelisere overflødige intermediater
[image] |
|
|
Term
|
Definition
| Et protein som genkender specifikke sekvenser af DNA'et - typsik 5-10 nukleotider par i længde. Kaldes ofte for cis-regulatory sekvens. |
|
|
Term
| Hvilke overvejelse er der, når et gen skal transkripteres? |
|
Definition
| Positionen, identiet og opsætningen af cis regulatorisk sekvenser - som er en vigtig del af information af genomet. |
|
|
Term
| DNA i kromosom indeholder? |
|
Definition
En lang dobbelt helix med major og minor groove
[image] |
|
|
Term
| Hvordan genkender transkription regulator DNAet? |
|
Definition
DOuble helix ydre finder man DNA sekvens information som transkription regulatoren genkender.
- Kanten af hver base par repræsentere et distictive pattern af hydrogenbånd donere, acceptere og hydrofobisk lapper i minor og major groove. |
|
|
Term
| Hvad er sammenhængen mellem major groove og transkription regulator? |
|
Definition
| Fordi major groove er breder, og fremstilling af flere molekyler genkende større end i minor groove. Derved findes der flest transkriptions regulator i major groove. |
|
|
Term
| BInding af transkription regulator til specifik DNA sekvens |
|
Definition
Genkender forskellige nukleotime sekvenser. Binder med hydrogen, elektron, hydrofobisk --> Højere affinitet for den specifikke sekvens. De forskellige interaktioner kan også binde sig til andre sekvenser, som ikke har en høj affinitet.
- Mange transkription faktor binder med dimer
[image] |
|
|
Term
Transcription factors recognize specific sequences in DNA
Helic turn helix protein |
|
Definition
Helix protein: To alpha og recognition helix har kontakt med major groove
[image] |
|
|
Term
|
Definition
- Three α-helices tightly packed by hydrophobic interactions .
- Helix 2 and 3 are very similar to helix-turn-helix proteins connected.
- The recognition helix makes contacts with in the major groove.
[image] |
|
|
Term
|
Definition
| C-terminal helix fordi den fatter in til major groova af DNA --Z Dens aa sidekæde er forskellige for andre proteiner, hvilket har en vigtigt rolle af genkendelse af specifikke DNA sekvenser til der hvor proteinet binder. |
|
|
Term
|
Definition
To helices, en fra hver monomer hæftes sammen til formelse af coiled-coil af hydrofobiske interaktioner mellem aa (ofte leucine)
En helix med hydriofobisk aa I den ene side, og den anden aa vil gå tættere sammen mod aa. Så de forskellige aa er forskellige
- Danner en Y form struktur af de to alpha helices, og derved vil side kæderne kontakte major groove af DNA.
[image] |
|
|
Term
| β SHEET DNA RECOGNITION PROTEINS |
|
Definition
A two-stranded β-sheet forms the interaction interface with the major groove. aa kæden læser informationen på overfladen af major groove. β-sheet kan genkende mange forskellige DNA sekvenser
[image] |
|
|
Term
|
Definition
| Der er en eller flere zinc - jo flere jo bedre specificitet |
|
|
Term
| HELIX-LOOP-HELIX PROTEINS |
|
Definition
Indeholder en kort helix med loop. Fleksibiliteten af loop tillader en helix til at folde tilbage og holde mod andre formende dimerization overflader.
[image] |
|
|
Term
| Dimerization increases affinity and specificity |
|
Definition
-The bigger the letter, the higher important for det sekvens
-Interkatione mellem de to komponenter af dimer. Interaktioner hjælper bindingen mellem protein til DNA.
- Transcription factor affinity and specificity is increased by dimerization.
[image] |
|
|
Term
| Transkription regulato binder cooperatively til DNA. Sandt eller falsk? Og hvordan vil kurven se ud? |
|
Definition
Sandt. Kurven har den signifikante sigmoid struktur, når proteiner binder til DNA cooperatively.
The two transcriptionsfaktor doesn't always interact. Men de to molekyler skal kunne interagere sammen, hvor de kan binde sig på regulator elementet og dermed få en sigmoid
[image] |
|
|
Term
|
Definition
| Ranken af koncentration af transkription regulator |
|
|
Term
| Cooperative binding of transcription regulators to DNA |
|
Definition
| Sker ofte fordi monomers har en svag affinitet for hinanden. |
|
|
Term
| Den indirekte mekanismine for kooperative binding |
|
Definition
| Kommer fra nukleosome strukturen af eukaryote kromosomer |
|
|
Term
| Transkription regulator bindes til DNA i nucleosome med lav eller høj affinitet |
|
Definition
|
|
Term
| Forklar de to årsager for regulator binder til DNA med lav affinitet end for naked DNA |
|
Definition
1. Overfladen af cis-regulatorisk sekvens genkendes af transkription regulator som vender indad på nukleosomet mod histone core og derfor ikke klar til til regulator proteinet.
2. Hvis overfladen af cis regulator sekvens er udsat på ydresiden af nukleosomet, så vil mange transkription regulator svagt ændre konfirmationen af DNA når den binder og disse ændringer er generelt modsat af tight wrapping af DNA om histon core. |
|
|
Term
| Hvordan kan vi øge affiniteten af second transkription regulator ? |
|
Definition
Hvis regulator proteiner når ind til DNA af nukleosme og forhindre DNA fra at binde tæt rundt om nukleosome core, så vil den øge dens affinitet af second transskription regulator nær cis regulator sekvens.
[image] |
|
|
Term
| Trytophan repressor swiches genes off. Sandt eller falsk? |
|
Definition
|
|
Term
| Hvis der er lav konc. af tryptophan, hvad så? |
|
Definition
Så bliver operon transkripteret. mRNA bliver translateret til at producere et full det af enzymer, som derved hjælper med synthelisering af tryptophan fra simple molekyler.
RNA polymerasen binder til promoter og transkribere fem gener af tryptophan operon. |
|
|
Term
| Hvad sker der når der er højt konc. af tryptophan |
|
Definition
| Repressor protein bliver aktiv og binder til operator hvor den blokerer bindingen af RNA polymerase til promoter. |
|
|
Term
| Tryptophan repressor kaldes også for |
|
Definition
| Transkriptional repressor protein, når den under aktive stadie slukker genet af eller represser dem. |
|
|
Term
| Transkriptional activator proteiner |
|
Definition
| En promoter som er kontrast til promoter for tryptophan operon og binder kun til RNA polymerase |
|
|
Term
| Hvad intergere tryptophan repressor med når den binder til DNA? |
|
Definition
| Aktivator proteinet CAP binder til cAMP før den binder til DNA |
|
|
Term
|
Definition
| Protein som er importere og fordøjer laktose. |
|
|
Term
| Når glukose er til stede, hvad sker der så? |
|
Definition
| Bakterien laver cAMP som så aktivere CAP til at switch on gener som så udnytter carbon molekyler som f.eks. laktose. |
|
|
Term
| DNA looping sker under bakteriel gen regulation. Sandt el/ falsk? |
|
Definition
|
|
Term
| CAP protein kan være to ting, som hvad? |
|
Definition
| Kan både være repressor og en aktivator afhængig af hvilken position den har på sekvensen relativ på promoteren. |
|
|
Term
| Hvor vil man hyppigst finde DNA looping i eukaryote celler? |
|
Definition
| Primær finde regulationer nær hver eukaryotic gen. |
|
|
Term
| Hvad afhænger for at bakterien gener kan bliver transkripteret ? |
|
Definition
| Den specifikke cis-regulatoriske sekvens, som læses af transkription regulation som binder til dem |
|
|
Term
| Hvad sker der når transkription regulatoren er bundet til DNA'et? |
|
Definition
| Positiv transkription regulator (activator) hjælper RNA polymerase begynder at transkriptere gener og negativ regulator (respressor) bloker dette for at ske. (Modsat virkning) |
|
|
Term
| Hvor vil vi finde de intermediate proteiteiner (interaktioner som altid ligger indirekte eukaryote) |
|
Definition
| Inklusiv histoner, så vil de findes mellem DNA bundet transkription regulator og RNA polymerasae |
|
|
Term
| DNA looping tillader hvad i transkriptionen i eukaryote? |
|
Definition
| Tillader DNA bundet regulatorisk protein at intergere med hinanden og som ultimate med RNA polymerase ved promoteren. |
|
|
Term
| Hvilken rolle har RNA polymerase II ? |
|
Definition
| Transkriptere alle protein kodende gener og mange noncoding RNA gener. |
|
|
Term
|
Definition
| Beskriver hele omfanget ag DNA inklusiv regulation og initiation transcription factor og polymerase fastgøres. |
|
|
Term
| Cis regulatoriske sekvens |
|
Definition
Hvor transkription regulatoren binder for at kontrollere raten af fastgørelsen proces af promotoren
[image] |
|
|
Term
| General transkription factor |
|
Definition
| Talrige proteiner som er hæftet til promotere hvor alle gener transkripteres af RNA polymerase II. |
|
|
Term
|
Definition
| Tillade indivinduelle gener til at tænde eller slukkes. |
|
|
Term
| NÅr transkription regulatorene binder til cis regulatory sekvens, hvad bindes derved også? |
|
Definition
| Multisubunits proteiner som er coaktivatore og co-repsressor som også hæftet til DNA med regulatorene. |
|
|
Term
| Funktion af Co-activator og co-repressor og hvilken interaktion er dette? |
|
Definition
Kan ikke genkende den specifikke DNA sekvens selv, men bliver bragt til de sekvenser af transkription regulator for at skulle aktivere transkriptionen og co-repressors.
- Protein protein interaktion mellem regulatoren og coactivatoren |
|
|
Term
|
Definition
| Der hvor transkriptionen starter når activator binder til cis regulatory sekvens |
|
|
Term
| Activator proteiners funktion på transkriptionen |
|
Definition
| Den skal hæfte og positionen af RNA polymerasen II ved promoter og herved til frigivelse så transktiptionen kan begynde. |
|
|
Term
| Hvordan sikre man DNA er mere tilgængeligt i eukaryotic trnaskription ? |
|
Definition
| Tranksription acticators promoter transkription ved af lave ændringer til kromosom strukturen af promotoren via kovelente histone modifiktioner, hvor nuklesomet fjernes ( kromatin remodeling komplex) og histone bliver erstattet, og derved er DNA mere tilgængeligt. 386 |
|
|
Term
| Eukaryotic transcription activators bruger fire mekanismer til at gøre DNA mere tilgængeligt, hvilke? |
|
Definition
1. Hæfter coaktivator samt histone modifiktion enzymer
2. ATP dependent kromatin remodeling komplex
3. Histone chaperones
4. Som hver kan ændre kromatin strukturen af promoters |
|
|
Term
| Hvordan kan trnaskriptionen af genet ellers også starte? |
|
Definition
1. Når DNA bundet transkription activator frigiver RNA polymerase fra promoter
2. Activator binger en kromatin remodeling kompleks ind som fjerner nukleosomet som blokere til slongating RNA polyemrase. Dette kan også forståes som at activatoren kommunikere med RNA polymerase (typisk via coactivator)
3. Gen activator er læsningen af disse factor i RNA polymerase, som kan blive diregeret af DNA bundet transskription activator. |
|
|
Term
Transkription activatore kan arbejde på forskellige step. Forklar figuren
[image] |
|
Definition
a. Direkte interaktion med kromatin remodeling
b. Oprettelsen af førinitering (Optagelsen) kompleks
c. Frigivelse af stalled RNA polymerase på promoteren
d. Promoting elongation --> Løsladelsen af RNA polymerasen |
|
|
Term
| Transcription factors can act synergistically og det menes? |
|
Definition
| Kombinationen af effekt er større end summen af effekt. |
|
|
Term
| Transkriptional synergy findes ved? |
|
Definition
| Findes mellem activator protein men også mellem transskription aktivator fra samme organisme. |
|
|
Term
Der er seks mulige måder for eukarotic repressor proteiner kan operater
[image] |
|
Definition
A. Activator proteiner og repressor proteiner konkurrer for binding til det regulatory DNA sekvens
B. Begge proteiner binder til DNA; men repressor forhindre aktivator fra at bære ud dens funktion
C. Repressor blokere mødes med transkription faktorer.
D. Repressor tilføjer kromatin remodeling komcplex som tilbagebringer nukleosom stadiet af promotoren til dens foregående transkriptional form.
F. Repressor hæftes af histone methyl transferase |
|
|
Term
|
Definition
| Forskellige sets af trnaskription reuglatore, coaktivator og co-respressor kan arbejde sammen til influence transskription optagelse ved promotoren. |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
Forskellige måder over hvilken aktivitet af transkription regulator kontrolleres inde i eukaryotic celler
[image] |
|
Definition
A. Protein er syntheqiseres kun når der er behov
B. Aktivering af ligand binding
C. Aktivation af kovalent modifikation
osv. |
|
|
Term
| Hvad kontrolleres udviklingen af gen kontrol expressionen |
|
Definition
| TRanskription regulator kontrollere kombinationen af gen depressionen af det individuelle gen. |
|
|
Term
| Kombinationen af gen kontrol har en effekt på? |
|
Definition
| Tilføjelsen af nye tranaskription regulator til en celle, da det er cellens forrige historie som beskemmer hvilke transkription regulator cellen nu har. 396 |
|
|
Term
|
Definition
| Den hastigstiende celle må bevare dens identitet - Mønsteret af gen ecpression er har som opgave for den identitet at skal blive husket og passeret videre til dens datter celle via celledeling. |
|
|
Term
| Hvordan sikre man datter cellen huskes? |
|
Definition
Positiv feedback loop: Hvor en master celle type transcription regulator aktivere transkriptionen af dens egen gen
- For hver celledeling, så vil regulatoren fordele til både datter cellen hvor den konstant vil stimulere positiv feedback loop[image] |
|
|
